1、污泥處理處置目標不明確
誤認為污泥就是資源, 強調污泥處理處置的資源化和經濟效益, 并以資源化為首要目的。個別企業利用這一誤區強調個別單元工藝可以實現能量回收和物質回用, 割裂其他處理處置過程需要投入的能量和費用, 誤導了技術的選取和對污泥資源化的認識。污泥處理處置應該以“減量化、穩定化、無害化”為目的, “資源化”并不是最終的目的，應盡可能利用污泥處理處置過程中的能量和物質，以實現經濟效益和節約能源的效果，實現其資源價值。
2、技術路線生搬硬套
污泥處理技術主要有污泥濃縮脫水、好氧消化、厭氧消化、干化、堆肥和焚燒等。污泥處置技術主要有填埋(包括地面、地下和水中)和土地利用。有些人錯誤地認為污泥干化焚燒是當前最先進的污泥處理技術，代表污泥處理技術的發展方向，因而不加分析地加以推廣。個別企業以盈利為目的，一味的夸大其先進性，對很多不了解的人造成了誤導。
3、重水輕泥、污泥處理發展滯后
近幾年環保領域的水處理發展迅速，但是污泥處理卻比起十幾年前依舊沒有太大的進步。被無害化處理的污泥比例低，多數污泥排入環境還是有害的，甚至違法偷排事件屢見不鮮。這是由于“重水輕泥”的不成熟處理思路造成的。
4、污泥處理率極低
早期污水廠甚至忽略污泥處理單元，只進行污水處理，污泥卻被隨意傾倒在湖泊，溝壑、良田中。還有一些污水廠為節省費用，空置污泥處理設施，將污泥隨意排放。我國污水處理廠所產生的污泥有80%以上沒有得到妥善處理。
5、污泥處理收費機制不完善
在污水處理費用中征收污泥處理費用是大勢所趨，但從當前情況來看，處置費用的征收存在較大阻力。我國現行收取的污水處理費用較低，尚無法保證污水廠的正常運行，而推行在污水處理費中加入污泥處理、處置費，又將在一定程度上加重被征收者的經濟負擔。因此，在未來較長一段時間內，補貼將是污泥處理處置資金的主要來源。目前國內已經有部分城市對污泥處理處置給予補貼，由于處理方案不同等因素造成標準不一，污泥處理產業很難自己盈利，運轉嚴重依靠政府補貼。同時，補貼覆蓋范圍明顯不足。
“水十條”或許會將為污泥處理處置補貼政策的明確帶來契機。《水污染防治行動計劃》預計總投資可能超過2萬億。除了為水處理改造、運營帶來巨大市場以外，“水十條”或將在污泥處理處置方面給予更多的傾斜。技術層面上，極有可能改變過去以填埋為主的處置路線;經濟層面上，或將要求針對污泥處理處置的補貼在全國范圍推廣，同時明確補貼標準。雖然有眾多條文規定污水處理費應包含污泥處理成本，但目前將污泥處理費納入污水費用的地方僅為北京市、江蘇省太湖地區、常州市、廣州市，且占比較低。
6、污泥監管困難
由于長期以來對污泥處理的忽視以及污泥排放的間歇性，導致有關部門對污泥的監管困難。
